Edith Wharton nació como Edith Newbold Jones el 24 enero 1862, hija de George Frederic Jones y Lucretia Stevens Rhinelander, en su casa de piedra rojiza del número 14 de la calle Veintitrés Oeste de Nueva York. Sus amigos y familiares la conocían como "Pussy Jones". Tenía dos hermanos mayores, Frederic Rhinelander y Henry Edward. Frederic se casó con Mary Cadwalader Rawle; su hija fue la arquitecta paisajista Beatrix Farrand. Edith fue bautizada el 20 de abril de 1862, Domingo de Pascua, en la iglesia Grace.
La familia paterna de Wharton, los Jones, era una familia muy rica y prominente socialmente, que había hecho su dinero en el sector inmobiliario. Se dice que el dicho en inglés "keeping up with the Joneses (mantenerse a la altura de los Jones)" se refería a la familia de su padre. Estaba emparentada con los Rensselaer, la más prestigiosa de las antiguas familias de mecenas, que habían recibido concesiones de tierras del antiguo gobierno holandés de Nueva York y Nueva Jersey. La prima hermana de su padre era Caroline Schermerhorn Astor. El fuerte Stevens de Nueva York debe su nombre al bisabuelo materno de Wharton, Ebenezer Stevens, héroe y general de la Guerra de la Independencia. El 29 abril 1885, a la edad de 23 años, Edith se casó con Edward (Teddy) Robbins Wharton, doce años mayor que ella. Se divorciaron en 1913 por las repetidas y públicas infidelidades de su marido, que la afectaron mental y físicamente. Durante algunos años, al final de su tumultuoso e infeliz matrimonio, mantuvo un idilio con William Morton Fullerton (1865–1952), periodista estadounidense que trabajaba en el diario The Times. Fullerton era bisexual y alternaba su relación con la escritora con un romance con Lord Ronald Coger.
